Năm học 2016 - 2017: Trường THCS Phú Mỹ có 10/36 học sinh đăng ký thi chuyên đã trúng tuyển vào các trường chuyên và các trường phổ thông năng khiếu trên địa bàn thành phố, trong đó trúng tuyển vào trường THPT Gia Định có 6 học sinh (1 chuyên văn, 4 chuyên toán, 2 chuyên lý), THPT chuyên Trần Đại Nghĩa 3 học sinh (1 chuyên anh, 1 chuyên toán, 1 chuyên sinh), THPT chuyên Lê Hồng Phong 1 học sinh chuyên sinh.
